Sezóna 1998/1999
2. liga - 2. místo (postup do první ligy)
Po sestupu do 2. ligy se fotbalisté okamžitě pokoušeli o návrat mezi fotbalovou elitu. Soupeřem jim měli být fotbalisté Bohemians Praha a Synot Staré Město. Před sezónou tým opustili Kostelník (Hapoel Jeruzalém - Izrael), Pecka (Tatran Prachatice), Saidl (Dukla Příbram), Šlachta (Petra Drnovice), Trval (Lázně Bohdaneč). Naopak do týmu přišli: Brahorád (FC Plzeň - hostování), Horejš (Tatran Prachatice), Janda (Petra Drnovice - hostování), Krejčí (FC Dukla). Kádr mužstva pro druholigovou sezónu tedy tvořili: Hrubý, Karel, Švantner, Brabec, Drahorád, Krejčí, Penner, Tejml, Vavroch, Wolgemuth, Babka, Horejš, Hruška, Kopecký, Krejča, Lengyel, Povišer, Štefanský, Vozábal, Fujdiar, Janda, Káník, Ryšavý.Jako trenér u mužstva zůstal nadále Pavel Tobiáš, asistentem byl Miroslav Jirkal, vedoucím Dan Drahokoupil.
Po podzimu mužstvo skončilo na 2. místě tabulky s 36 body a skóre 36:12. První místo obsadil Bohemians Praha, který měl o tři body více. Tým ztratil body pouze s NH Ostrava (0:0), Mostem (2:1), St. Městem (2:2), Vítkovicemi (2:2). Naopak se mu doma podařilo ve výborném zápase porazit Bohemians Praha 3:1. Zápas tehdy sledovalo 8000 diváků.
V jarní části mužstvo zaváhalo pouze v Prostějově (0:1) a doma s Mostem (1:1). Na konci sezóny mělo celkem 72 bobů (skóre 65:18) a skončilo na druhém místě tabulky, které zajišťovalo postup do nejvyšší soutěže. Na prvním místě byl Bohemians Praha (73 bodů, skóre 62:12).
Nejlepšími střelci byli Fujdiar a Povišer se 16 brankami.