Sezóna 2002/2003
1. liga - 13. místo
Po bezproblémovém postupu mužstva do první ligy zůstal u mužstva i nadále trenér Pavel Tobiáš. K jediné změně došlo v realizačním týmu a to na místě maséra, když se k mužstvu vrátil Vladimír Adam. Naopak v samotném mužstvu došlo hned k několika změnám. Mužstvo opustili: Radim Wozniak (Ostrava - návrat z hostování), Tomáš Sivok (Sparta - návrat z hostování), Jiří Pospíšil (volný hráč), Marián Palát (Bohemians - návrat z hostování), Pavel Hapal (konec kariéry), Martin Vyskoč (volný hráč), Michal Káník (Plzeň), Zdeněk Opravil (Prostějov) a naopak do mužstva přišli tito hráči: Martin Konečný (Trenčín), Pavel Jirousek (Jablonec), Vladimír Pončák (Inter Bratislava), Stanislav Rožboud (Neratovice - návrat z host.), Jaroslav Chlebek (Rimavská Sobota), Lumír Sedláček (Slavia - host.), Roman Jůn (Liberec - host.). V první polovině soutěže se mužstvu zpočátku vůbec nedařilo. Nejprve sice vyhrálo na Bohemians 3:2, ale později přišla černá série porážek, a tak mělo mužstvo po devíti kolech pouhých 6 bodů! Na konci podzimní části se ale mužstvu začalo opět dařit a nakonec po patnácti kolech skončilo na 9. místě tabulky se ziskem 19 bodů, když dokázalo vyhrát doma s Jabloncem (4:1), Olomoucí (3:1), Hradcem (2:1), venku ve Zlíně (2:1) a remízovat v Brně 0:0.Mužstvo hrálo velmi dobře útočně, nejvíce branek dokázalo vstřelit ze standardních situací. Naopak nejednou to zaskřípalo v obraně. Pouze v jednom zápase nedostalo mužstvo ani jednu branku (poslední dohrávaný zápas s Brnem).
Jarní sezona neproběhla zcela posle představ jihočeských funkcionářů a fanoušků. V druhé polovině soutěže získali fotbalisté SK České Budějovice pouze 11 bodů a po dobře rozehraném podzimu skončili až na 13. místě tabulky se ziskem 30 bodů a skore 36:54Nejlepším střelcem se stal mladík David Lafata, který ke svým osmi brankám mohl přidat ještě další, ale kvůli zranění musel vynechat čtyři utkání.