Sezóna 2001/2002
2. liga - 1. místo (postup do první ligy)
Do této sezóny se opět měnilo vedení klubu. Novým ředitelem se stal Jiří Stiegler. Trenérem mužstva i nadále zůstal Milan Bokša. Jednoznačným cílem týmu byl opět návrat mezi fotbalovou elitu. Před sezónou k týmu přišli: Povišer (Sachsen Lipsko), Kopp (Přeštice), Zedník (Strakonice), Janda (návrat z hostování - LG Soul), Řehoř (Třeboň), Palát (Bohemians Praha - hostování), Wozniak (Ostrava - hostování). Mužstvo opustili: Pěnička, Fujdiar, Praženica, Mitas, Vybíral, Pejša, Veselý, Jukl, Obšitník. Dalším velkým přestupem byl prodej teprve sedmnáctiletého Tomáše Sivoka do pražské Sparty. Z týmu SK ČB také odešel brankář Jaroslav Drobný (Panionis Athény).Po podzimní části se mužstvo umístilo na prvním místě tabulky se ziskem 31 bodů a skóre 26:11. Tým udržel domácí neporazitelnost a na domácím hřišti dostal pouze jednu branku. Jako již tradičně se ale zcela nedařilo venku. Tam mužstvo dokázalo vyhrát pouze ve Vítkovicích a na hřišti druhého týmu tabulky. Na této pozici skončila po podzimu Mladá Boleslav, která měla stejně jako SK ČB 31 bodů. Třetí skončil Zlín (27) a čtvrtý Chomutov (25).
Před začátkem jarní části se na soupisce SK České Budějovice objevili jména jako je Pavel Hapal (známý reprezentant, který oblékal dres Olomouce, Leverkusenu a Tenerife), Martin Vozábal (návrat z hostování v Hradci) a Martin Latka (přeřazen z dorostu). Naopak mužstvo opustili Janda, Lafata, Rožboud, Kopp a Zedník.
Budějovice byly považovány za největšího favorita druhé ligy. Do boje o postup se měli zapojit: Ml. Boleslav, Zlín a Plzeň. Mladá Boleslav nenavázala na své podzimní výkony a postupně začala ztrácet. Naopak začátek jara zastihl Plzeň ve velké pohodě a formě a zdálo se, že se ještě popere o postup. Velká pohoda ale dlouho nevydržela, a tak na postup zbyly pouze dva kluby.
Budějovice se v počátku jara střídaly na vedoucí pozici s Ml. Boleslaví. Postupem času se do boje výrazně zapojil Zlín. Hned po třetím jarním kole byl od mužstva odvolán trenér Milan Bokša (sice mužstvo doma prohrálo s Xaverovem 1:4, ale neustále bylo na prvním místě). Po odchodu Milana Bokši se k mužstvu již po třetí vrátil Pavel Tobiáš. Do mužstva se vrátili David Lafata, Michal Káník a Ivo Svoboda. Hned od tohoto okamžiku se mužstvu začalo především výsledkově dařit a dokázalo v následujících zápasech 10x vyhrát, jednou remízovat a pouze jednou prohrát (ve Zlíně). I díky této senzační sérii mužstvo nakonec skončilo na 1. místě tabulky se ziskem 68 bodů a skóre 58:20. Druhý skončil Zlín, který měl o dva body méně. Třetí byla Ml. Boleslav a čtvrtá Plzeň.
Nejlepším střelcem mužstva se stal nakonec Karel Vácha, který zaznamenal 11 branek.