Sezóna 2008/2009 - 1. liga - 10. místo
Konec ročníku 2007/2008 byl, jak už to u fotbalistů Dynama bývá zvykem velmi dramatický. Hlavní trenér František Straka, který do Českých Budějovic přišel po čtvrtém kole nahradit Františka Cipra, dokázal splnit svůj jednoletý cíl, kterým byla záchrana v nejvyšší soutěži. Do ročníku 2008/2009 tak mohlo Dynamo jít s vyššími ambicemi, než bylo udržení v lize. Před sezónou se vedení jihočeského celku domluvilo na spolupráci s trenérem Janem Kmochem, který svými metodami dovedl béčko Sparty Praha do druhé nejvyšší soutěže.
Před sezónou přijal generální manažer Dynama Jiří Kotrba nabídku trénovat reprezentaci do jedenadvaceti let. Další velkou změnou okolo největšího fotbalového týmu na jihu Čech bylo postupné vybudování vyhřívaného trávníku. V červnu 2008 se na tehdejším E.ON Stadionu pokládaly trubky pro umělé vyhřívání travnaté plochy.
Každý nový ročník sebou nese řadu změn v hráčském kádru. Na brankářském postu se změny neděly, jen Vladan Vršecký z juniorky pro přípravu doplnil Pavla Kučeru a Zdeňka Křížka. Letní přestupové období na zkoušku do obrany přivedlo Martina Knakala (Škoda Xanthi), kterého doplnili mladíček z B-týmu Michal Mácha a rekonvalescent Roman Pivoňka. Největší počet jmen přinesla záložní řada. Tam se objevili nováčci jako Brazilec Fernando Tobias Hudson (Slovan Liberec), Vahan Gevorgian (Wisla Plock), Petr Benát (Teplice), Jan Riegel (Mladá Boleslav), Lukáš Vido (Lučenec), Vladimír Dobal (B-tým), Martin Jasanský (dorost) a Pavel Mezlík (Brno - uplatněna obce na přestup). Útočná řada byla pro přípravné období doplněna o Pirese Roberta Edisona, Patrika Zajace (Slavoj Vyšehrad), Davida Vaněčka (Mladá Boleslav), Jana Kovaříka (Slavia Praha B) a Michala Schöna (návrat z hostování z Vítkovic). V průběhu přípravy se s českobudějovickým dresem rozloučili Gevorgian, Knakal, Vido, Edison a Vaněček. Do Viktorie Žižkov odešel špílmachr Martin Vozábal. Velkou rybou mohl být přestup Davida Lafaty na jih Čech, ale bývalý jihočeský kanonýr zamířil do konkurenčního Jablonce. Předsezónní tisková konference odtajnila cíl, kterým byl střed ligové tabulky.
Dynamo čekal ostrý start v podobě ambiciózních Teplic. Navzdory slovům trenéra Kmocha, že Jihočeši budou hrát aktivní útočný fotbal, se staly Teplice tím týmem, který diktoval tempo hry. České Budějovice prohrály jednoznačně 4:0 a byla to hodně studená sprcha pro celý jihočeský celek. Po čtvrtém kole, kdy Jihočeši vybojovali pouhopouhý bod, byl odvolán trenér Jan Kmoch, kterého nahradil jihočeský matador Pavel Tobiáš. Ten dokázal v poháru ČMFS vybojovat postup do třetího kola, kde Dynamu vystavily stop třetiligové Mutěnice. Zajímavostí byl zářijový duel A-týmu proti národnímu týmu České republiky. I když Jihočeši v utkání podali solidní výkon, tak favorizované reprezentaci podlehli 0:1. Nepříznivý vývoj v Gambrinus lize přišel vylepšit bývalý slovenský reprezentant Martin Laurinc, který jako obránce pomohl vyztužit obrannou hru Dynama.
Kolísavé výsledky, které Dynamo v podzimní části provázely, nahradily fantastické zápasy, ve kterých Jihočeši dokázali bodovat a zároveň nadchnout diváky. Nejlepší zápasy fotbalisté z jihu Čech odehráli proti Viktorii Žižkov, Liberci a Slavii, která byla úřadujícím mistrem ligy. Zápas s pražskou Viktorií se pro Dynamo nevyvíjel vůbec dobře. Když v třiasedmdesáté minutě zvyšoval hostující Naumov na 0:2, tak začali fanoušci odcházet ze stadionu. Málo vídaný obrat však načal Benát, který společně s Hudsonem dokonal obrat na 3:2 pro domácí České Budějovice. Podobný náboj mělo také utkání s úřadujícím mistrem Slavií. Slavia vedla po prvním poločase 2:0, ale zvýšená aktivita ve druhé půli přinesla snížení a následné vyrovnání na konečných 2:2.
Zimní přestávka přinesla další změny v kádru A-týmu. Vysoký útočník Adam Klavík přišel z pražské Slavie a o angažmá na jihu Čech se ucházel také obránce Martin Uvíra, ale na testech neuspěl a tak se vrátil do Opavy. To, co se nepovedlo Uvírovi, se dokonale podařilo dalšímu útočníkovi, kterým byl mladý Marián Timm, který přišel z Interu Bratislava. Další zahraniční posilou se mohl stát Makedonec Jovica Dimovski. Ten ale totálně propadl v přípravném zápase s Jihlavou a trenér Tobiáš ihned po utkání vynesl očekávaný verdikt. Největší chycenou rybou měl být Ivo Táborský, který sice s Dynamem odehrál i přípravný duel s Mostem, kterému vsítil jeden ze čtyř gólů. Avšak situace v Mladé Boleslavi, které se zranilo hned několik útočníků, znamenala jasný verdikt – Ivo Táborský se musí vrátit do města automobilky Škoda. V lednu byla také znovu vybudována nafukovací hala s umělým povrchem na Složišti. Její předchůdkyni totiž strhl silný vítr.
Jarní odvety začaly remízou s průměrnou Příbramí. Avšak hned v dalším kole Dynamo přepsalo historii, když dokázalo remízovat na hřišti pražské Sparty, za kterou nastoupili hráči jako Řepka, Kladrubský, Wilfried, Kulič, Blažek nebo Berger. Podobně jako na podzim, tak také na jaře Dynamo předvádělo hodně nevyrovnané zápasy. Především ale utkání s Kladnem se Jihočechům hodně podařilo. Tehdy nadějný a dravý útočník Tomáš Stráský Kladno sestřelil hattrickem. Tečku za sezónou Dynamo udělalo v posledním zápase, ve kterém jednoznačně porazilo vítěze poháru ČMFS Teplice 3:0.
Fotbalisté Dynama v tabulce skončili se šestatřiceti body (7 výher, 15 remíz a 8 proher) na desáté příčce. Nejlepším střelcem Jihočechů se stal s devíti zásahy Tomáš Sedláček. Na druhém místě byl Petr Benát se sedmi přesnými trefami. Mezi hříšníky se výrazně zapsal jen Jaroslav Hílek, který za celou sezónu dokázal nasbírat 9 žlutých a 1 červenou kartu.
Béčko v České fotbalové lize skončilo na pohodovém devátém místě
Třetí nejlepší historický úspěch si připsala juniorka Dynama v třetí nejvyšší soutěži v České republice. Se ziskem třiačtyřicet bodů se béčko umístilo na deváté příčce (11 výher, 10 remíz a 13 proher). Úvod soutěže mladíkům Dynama dokonale vyšel a po třech zápasech měli z devíti možných bodů na svém kontě sedm za dvě výhry a jednu remízu.
V porovnání s ostatními rezervními týmy České Budějovice skončili za Slavií a Žižkovem na třetí pozici. Jen o bod pak Dynamo zůstalo za dalším jihočeským celkem ze Sezimova Ústí. Třetí celek z jihu Čech Písek skončil za suverénní Vlašimí na druhé pozici. Minitabulka plus/mínus skončila o dva body v kladném hodnocení.
Se sezónou se juniorka rozloučila ve velkém stylu. Na Složišti přivítala Náchod – Deštné a přítomným divákům připravila gólové hody. Výsledek 6:0 mluví za vše. O góly se tehdy postarali 2x Miroslav Kučera, Mašát, Plichta, Rakovan a poslední gól si Náchod vstřelil sám. Celkem čtyřikrát si mladíci Dynama vyzkoušeli příchuť derby. Celkově druhý Písek Dynamo nejprve porazilo na jeho hřišti jednoznačně 3:0 (Tischler, Riegel z penalty a Kovařík). V jarní odvetě se pak zrodila remíza 1:1 (Novák). Sezimovo Ústí v prvním utkání doma porazilo béčko 1:0. V odvetě si ale přišli na své hlavně diváci. Gólovou přestřelku lépe zvládlo domácí Dynamo a po výhře 4:2 (2x Dobal, Kučera a Mašát) si připsalo druhé vítězství v jihočeském derby.
Dorostenecké týmy skončily v dolních patrech tabulky
Starší dorost v konečné tabulce skončil se ziskem devětatřiceti bodů (11 výher, 6 remíz a 13 proher) na jedenácté pozici. V tabulce „doma“ dorostenci skončili na solidní šesté příčce. Už jen samotný zisk třicet bodů z domácích utkání napovídá, že na hřištích soupeřů se Dynamu moc nevedlo. V tabulce „venku“ skončili Jihočeši až na čtrnácté pozici. Na hřištích soupeřů Dynamo vybojovalo pouhopouhých devět bodů. Nejvyšší výhru si dorost připsal proti Opavě (5:1) a nejvyšší porážku s Jihlavou (4:0).
Mladší dorost skončil s jedenatřiceti body (9 výher, 4 remízy a 17 proher) na třinácté pozici. Oproti svým starším kolegům mladší dorostenci totálně propadli při domácích zápasech. Se ziskem patnácti bodů skončili v tabulce „doma“ až předposlední. Tabulka „venku“ už byla o trochu veselejší a šestnáct bodů stačilo na devátou příčku.