Sezóna 1993/1994
Období od roku 1993
Rozdělením federace na samostatné státy - Českou a Slovenskou republiku k 1. 1. 1993 -došlo také k rozdělení organizace československého fotbalu. Vrcholovým fotbalovým orgánem v České republice se stal Českomoravský fotbalový svaz (ČMFS), ve Slovenské republice Slovenský futbalový zváz (SFZ). Ve společné nejvyšší soutěži -1. lize -byl dohrán ještě ročník 1992/93 a i po rozdělení federace hrál kvalifikaci na MS 1994 společný tým pod názvem Reprezentace Čech a Slovenska (RCS).Nová struktura fotbalových soutěží v České republice vstoupila v život ročníkem 1993/94. Do 1. ligy přešlo devět účastníků z Čech a Moravy z posledního ročníku federální 1. ligy, šest týmů z Českomoravské fotbalové ligy a o šestnácté místo byla sehrána kvalifikace mezi posledním, desátým týmem z českých zemí ve federální 1. lize a sedmým týmem ČMFL. Do Il. ligy bylo zařazeno deset zbylých týmů z ČMFL a po prvních třech týmech z České fotbalové ligy a Moravskoslezské fotbalové ligy. Tak měly dvě nejvyšší soutěže po 16 účastnících vždy v jedné skupině.
Třetí nejvyšší soutěží se stala Česká fotbalová liga s 18 účastníky a Moravskoslezská fotbalová liga s 16 účastníky. Do nich byla zařazena zbývající startující mužstva (s výjimkou sestupujících) a týmy postupující z divize.
1. liga - 6. místo
Od této sezóny se stal hlavním trenérem po odchodu Jindřicha Dejmala Pavel Tobiáš. Jeho asistenty byli Daniel Drahokoupil a Zdeněk Procházka.Z mužstva odešli: Blažek (Viktoria Žižkov), Fujdiar (Olomouc), Hruška a Sialini (ukončení smlouvy). Jako náhrada přišli: Jindráček (Cheb), Koranda (Turnov), Fiala a Guzik (Olomouc) a Šulc (odchovanec). Hráčský kádr mužstva tvořilo těchto 22 hráčů: Fiala, Fryč, Gruzík, Hejníček, Jindráček, Kaizar, Káník, Koranda, Mikoláš, Pěnička, Poborský, Povišer, Přibyl, Rada, Stromšík, Šulc, Zayml, Vácha, Valachovič, Vohák, Wohlgemuth a Žák.
Funkcionáři klubu byli: prezident Werner Janich, viceprezident Miloslav Varady, sekretář Jan Molkup, tajemník Emil Kuš a manažer klubu František Tobiáš.
SK České Budějovice byl po podzimní části nečekaně na druhém místě se ziskem 23 bodů stejně jako první Sparta Praha. Mužstvo mělo skóre 19:11 a za celou podzimní sezónu jen jednou prohrálo, a to až ve 13. kole v Hradci Králové 1:0.
Formu z podzimní části si v jarní části SK ČB neudrželo, přesto skončilo na velmi pěkném 6. místě se ziskem 35 bodů a skóre 33:31. Byla škoda bodu, který v posledním kole ztratil na domácím hřišti se sestupující Duklou Praha po remíze 1:1.
V této sezóně na sebe svými výkony upozornil Karel Poborský a po jejím skončení přestoupil do Viktorie Žižkov. Nejlepším střelcem SK ČB byl Karel Vácha s deseti brankami před Karlem Poborským s osmi brankami. SK ČB "B" obsadilo v tomto ročníku v divizní skupině "A" 10. místo s 27 body a skóre 35:43.
Starší dorost SK ČB vyhrál se 46 body a skóre 59:29 divizi dorostu před Spartou "B" se 45 body a postoupil do dorostenecké ligy. Mladší dorostenci obsadili v divizi 3. místo se 42 body a skóre 53:22.