Kromě slavného Baníku Ostrava čeká na Dynamo i tradičně silná Sigma Olomouc, jenž taktéž sestoupila a ve druhé lize nahradila svůj rezervní celek. Oproti loňské sezoně se ve FNL výrazně změnilo složení klubů, soutěž bude mít již klasicky šestnáct účastníků, takže nebude mít jako v minulé sezoně jeden klub volný los.
Po deseti letech se Jihočeši střetnou s postupujícími Vítkovicemi, se kterými Dynamo v celé historii prohrálo pouze dvakrát. Dalším novým soupeřem je moravský Prostějov, s nimž Českobudějovičtí se naposledy utkali ve druhé lize v sezoně 2001/02. Pátým staronovým klubem ve druhé nejvyšší tuzemské soutěži je Viktoria Žižkov, která se postoupila z ČFL až ze třetího místa.
Hned pět slezských klubů a k tomu tři moravské čeká v sezoně 2016/17 na Dynamo. Jihočechy čekají dlouhá cestování, ať už do dalekého Třince nebo Opavy, tak do zmiňovaných Vítkovic a Baníku. Nebude chybět ani derby s Táborskem, 5.11. se bude hrát první střetnutí v Sezimově Ústí a 13.5. na Střeleckém ostrově.
Vzdálenosti stadionů týmů Fotbalové národní ligy
FC MAS Táborsko - 57 km
FC Sellier & Bellot Vlašim - 103 km
FC Viktoria Žižkov - 154 km
FC Baník Ostrava - 382 km
1. SK Prostějov - 278 km
SFC Opava - 387 km
FK Ústí nad Labem - 241 km
1. SC Znojmo FK - 164 km
FK Baník Sokolov - 262 km
FK Pardubice - 263 km
FK Varnsdorf - 296 km
SK Sigma Olomouc - 298 km
MFK Frýdek-Místek - 386 km
MFK Vítkovice - 382 km
FK Fotbal Třinec - 414 km
